In het oude Japan van voor de westerse jaartelling ontwikkelde zich een wijsgerige leer die zich bezighield met levensenergie en de wijze waarop die energie het functioneren van de menselijke geest en het menselijk lichaam bepaalt. In de Japanse cultuur werd Jin Shin Jyutsu beschouwd als een vorm van kunst.
De filosofie en de leer van Jin Shin Jyutsu werden eeuwenlang uitsluitend mondeling doorgegeven en dreigden daardoor geleidelijk verloren te gaan. De Japanner Jiro Murai heeft in het begin van de 20ste eeuw de filosofie herontdekt en op zichzelf toegepast toen hij ernstig ziek was. Onder de indruk van het resultaat daarvan heeft hij de rest van zijn leven gewijd aan de verdere ontwikkeling van de oude wijsheden en van de daarop gebaseerde methode waarmee men anderen – maar ook zichzelf – kan behandelen.
Meester Murai heeft later zijn kennis en ervaring doorgegeven aan de Japans-Amerikaanse Mary Burmeister. Zij heeft de leer in de westerse wereld uitgedragen door publicaties en door het verzorgen van opleidingen vanaf de jaren 60 van de vorige eeuw. Daardoor en door de resultaten die ermee werden bereikt werd Jin Shin Jyutsu geleidelijk aan bekend in de Verenigde Staten en later ook in andere delen van de wereld, waaronder West-Europa.
Ook in Nederland zijn inmiddels een aantal beoefenaren van Jin Shin Jyutsu en hun aantal neemt gestaag toe.